明治天皇 着西式军礼服除却组织新式政府，司法、经济改革外，明治维新最重要的，便是建立新式军队。明治政府成立初期，并没有真正属于自己的军队，鸟羽伏见之战以来，数克幕府军的，是各雄藩私军组成的所谓“官军”。为了确保政权的稳固性，明治政府必须建立自己的军队。戌辰战争时，有一些乡士（最下级武士）和浪人（脱藩武士）曾作为朝廷直属的游击队，但是这些队员狂放不羁，不服管理，时常扰乱治安，作为“浮浪之徒，”他们是被取缔的对象，而部分被称为“亲兵”的游击队员后来被编入政府直属部队，但未能发展为近代日军。1868年4月，军防事务局制订《陆军编制法》，要求各藩依石高（粮食产量）提供兵员组建直属近畿警卫部队，同时在各藩设50人，再加上此前编入的游击队员，达到了2000人以上。但是这支军队不堪一用，士气低落，大量士兵称病要求替换。1870年春，这支军队被命令返乡修养，后逐渐解散。通过“征兵”（非征兵制）组建新军的尝试就此失败。1870年11月，明治政府制定征兵制，下令各府、藩、县无论士族平民，挑选适格者从军。此前在兵部少辅山县有朋的授意下，大阪兵学寮（陆军官校）已允许平民入学。虽然此时仍以藩的存在为前提征兵，但是已经摆脱了身份的差异。然而，虽然兵营生活并未像后世一样苛刻但是仍有许多新兵逃跑。1871年夏，由于明治政府加强中央集权，与各藩陷入紧张，这支军队征召了1500人便告终止。此时，士族们对明治政府试图减少阶级差异的政策感到不满，1869年9月时更是刺杀了兵部省大辅、大阪兵学寮创始人大村益次郎。而激进派士族的代表，西乡隆盛更是在萨摩藩操练新军，组建了一支多达四万人的常备军，在这样的情况下，明治政府不得不接受了西乡的建议，由萨摩、长州、土佐三藩提供军队，组成御亲兵，这就是日本陆军的前身。1871年4月，为了压制地方上的士族反乱，明治政府在各地设置“镇台”，作为朝廷在地方直属的武装力量。此后随着废藩置县、四民平等、征兵制的出现，日本陆军开始走向近代化，加上来自英德的海陆军教官，采购自西方诸国的先进兵器，日本逐渐在军事上成为东亚的一大强国。魔爪初探——台湾出兵1868年和1872年，日本两次向朝鲜派遣使者要求建交修好，都遭到朝鲜拒绝，鉴于此，留守政府主张出兵报复朝鲜，遭到了以岩仓使节团为核心的归国派反对。归国派表示，此时的日本国力尚不足以攻打朝鲜，且有和清国开战的可能，主张优先发展内治，提高国力。1873年10月末，归国派说服明治天皇颁旨，以担心和俄罗斯的边境冲突为由反对即时征韩。最终，征韩派首领西乡隆盛等人辞职，大久保利通等归国派夺得大权。此即明治六年政变。下野后的征韩派由于路线争执分裂为两派：一派以板垣退助、後藤象二郎为首，以和平方式继续政治斗争，而以西乡隆盛为首的派系则是以暴力士族抗争为手段，先后发起1873年1月的佐贺之乱和1877年的西南战争，导致日本动荡不安。鉴于此，大权在握的归国派决定通过一场对外战争来转移矛盾及抒发征韩派的怨气，这时他们想起了两年前的八瑶湾事件：琉球国时代，宫古岛等外岛每年需将年贡上缴到本岛的首里王府。1871年10月18日，四艘上供结束的商船从那霸出港返航的路上遭遇台风，一艘从此失踪，另一艘漂流至台湾东南部八瑶湾，幸存的66人登陆后寻求原住民帮助，因语言文化不通，最终被排湾族人“出草”（割下头颅以祭祖）54人，仲宗根豐見親的十四世孙仲宗根玄安也在此殒命。时任美国公使德罗克极力怂恿日本外务卿副岛种臣，称台湾为肥沃之地，盛产米和砂糖，且有丰富矿藏，“久为外人所侧目”，而依据国际法，清廷未能完全占有台湾，日本可“取为所有”，美国不要他国之地，但“喜好友邦拥有他国之地而予以广殖之正义”。此外，德罗克还向副岛介绍时任李仙得作为征台顾问。李仙得原为法国人，自巴黎大学毕业后加入美国北军参加南北战争，以少将军阶退役后转任外交官，1866年出任美国驻厦门领事。来到厦门的次年，李便因美国商船罗法号海难幸存者被台湾原住民琅嶠龟仔甪社杀害的事件两次前往台湾交涉，当地官员以生番不服王化为由推脱，最终李在1869年10月深入番地，与琅嶠十八社（斯卡罗酋邦）头领猪朥束社签订协议，同意在类似情况下保护幸存者。此次深入番地的探险之旅中，李做了详细的探查手记《Notes of Travel in Formosa》，并向本国送交名为《Reports on Amoy and the Island of Formosa》的领事报告，叙述了立约情形，琅嶠地区汉番地界，乃至台湾矿藏和出产，以及对台湾开埠后的商务的调查和分析。李仙得绘制了恒春半岛的多幅地图，其中1870年绘制的《Formosa Island and The Pescadores》中，李在恒春半岛东部标注“Confederation of Eighteen Tribes under the Chief”，Confederation即为邦联，为国际法用词，意为“独立国家组成的松散联盟”，此地图在后日为日本侵略提供了国际法的依据。台湾南部图 李仙得绘1872年，时任美国总统格兰特不满李仙得在清国的作为，意转调李为驻阿根廷公使。李在返美述职、途径日本横滨时在德罗克的引荐下与副岛会见。李仙得针对琉球人遇害一事提出，清廷未能实际掌控番地，依据国际法此地应为“无主地”（Terra nullius），可以此为由出兵，还提供大量相关资料和地图，日本政府大为振奋，遂聘请李为外务省顾问。1874年，李总结自身理论写成《Is Aboriginal Formosa a Part of the Chinese Empire》一书在上海出版，成为日本出兵的理论与宣传基础。在任上时，李还提出三十余条“覺書”（备忘录），内容从法律依据、理论依据到攻打、治理台湾的战略，乃至与清国总理衙门周旋的策略，都有详细规划。当时琉球人漂流到台湾，被原住民族杀害的事件频发，逐渐形成清国提供救助，琉球发文谢恩，其余责任一律不论的惯例。事件初期的清国在送回幸存者后以为就此了事，但是日本在1873年以“中国派遣特命全权大臣”的名义派遣外务卿副島種臣前往清国试探。时任总理衙门大臣吏部尚书毛昶熙答复：“二岛（指琉球及台湾）俱我属土，属土之人相杀，裁次固在于我，我恤琉人，自有措置，何预贵国事，而烦为过问？”副岛则提出被害者中有四人是日本小田县渔民的证据，并追问道“贵国既然已知抚恤琉球民，为何不惩办台番？”毛回应称“杀人的都是生番不服王化，日本的虾夷，美国的红番，都不服王化，这也是各国常有的事”来推搪，副岛便说：“生番害人，贵国置之不理，我国有必要问罪岛人，因与贵国盟好，特先来奉告。”毛回答：“生番系我化外之民，问罪与否，听凭贵国办理。”得到此口实后，日本便准备向“无主番地” 出兵。出兵前，日本任命西乡隆盛之弟西乡从道中将为“番地事务局都督”，向英美等国租借轮船，以李仙得为军事顾问，派遣樺山資紀、水野遵前往台湾调查。准备完全后，英美等国一转态度，声明中立，反对日本出兵，并且拒绝租借轮船给国企日本国郵便蒸汽船会社，日本只得向新兴的民间企业三菱租用轮船，这位日后三菱成为举重若轻的大企业奠定了基础。此时的日本初开国门，还未如后世一般疯狂，迫于外交压力，日本政府决定停止侵略台湾，大久保利通亲自前往长崎下令罢兵。但是西乡以已准备完全为由，断然拒绝命令，率领3600名官兵前往台湾。这是日本军国主义的一个表现，即军事先于政治，政治追认军事，也为后世关东军的独断专行作俑。此时的清国在英国的密报下，得知了日本的侵攻计划，但是总理大臣已予人口实，清廷只能坚称“其人虽不治以中国之法，其地究不外乎中国之土”。1874年5月12日，日军于射寮（日方记为社寮，汉人聚落）登陆，这支军队由熊本镇台（第六师团前身）的一个步兵大队和一个炮兵小队，加上海军步兵第一小队和两门海军炮组成。从汉人处得到日军消息的排湾人迅速前往要道石门设伏。18日至21日，不断进军的日军与当地原住民族发生小规模冲突，互有伤亡。5月22日，佐久間左馬太大佐部150人在石门处遭遇排湾族伏击，起初排湾族凭借地势和勇气打得日军措手不及，但是日军陆战队攀上峭壁居高临下展开反击，最终排湾族由于人数和装备的劣势被迫撤兵，牡丹社首领阿禄古父子阵亡。此役过后，琅嶠地区原住民族已失去战力，正在观望的原住民族大多投靠日本。6月1日，日军兵分三路扫荡牡丹社、高士佛社、射不力社等，无力抵抗的原住民逃入深山，日军便纵火焚烧村落。7月1日，牡丹社等投降，至此，日本取得了完全胜利，随后便在龟山设营，长期驻扎。此次战役中，日军战殁者仅12人而在长期驻屯中病死者竟高达561人（一说病死650人），5,990名日军及随员共回报了16,409件患病报告，平均1人患病2.7次。因此，日后的台湾总督府第一事务便是改善台湾卫生状况。
宍户玑1879年6月12日，美国前总统尤里求斯·格兰特及其随员扬格（J. R. Young）和美国驻华副领事毕德格（W. N. Pethick）在天津会晤清廷代表李鸿章，李鸿章要求他就琉球问题进行调停，格兰特慷慨答应。7月3日，格兰特一行乘坐里奇蒙德号抵达横滨，并于7月22日与日本政要伊藤博文、西乡从道举行会谈。在听取了日本方面的意见后，格兰特认为日本吞并琉球侵犯了清国的海上贸易利益，为“清国互市之障碍”，表示唯有和平谈判才是解决琉球问题的方法。8月10日，格兰特会见明治天皇，认为若是日本吞并琉球将“断绝清国与太平洋之通道”，建议日本“予彼以太平洋之广阔通路，如至此议，彼将应承之”。驻日公使何如璋亦发电报给总理衙门，称格兰特提出“琉球三分方案”，即包括冲绳本岛在内的中部各岛归还琉球，恢复琉球国，将宫古及八重山以南各岛划归中国，将包括奄美大岛在内的五岛划归日本。总理衙门表示赞同，但美国方面不承认此为格兰特提议。经过多次磋商之后，1880年4月4日，日本方面提出「分岛改约案」，不久被清廷接受。日本拒绝引渡琉球王尚泰，但愿割宫古、八重山两岛给清廷，由清廷拥立向德宏为琉球王。但琉球国官员再三诉愿表示二岛土地贫瘠，无法生存，万不可接受。眼看条约就要签订，林世功在京师总理衙门前自杀表示抗议。
